1、对总机构设在海南自由贸易港的符合条件的企业，仅就其设在海南自由贸易港的总机构和分支机构的所得，适用15%税率；对总机构设在海南自由贸易港以外的企业，仅就其设在海南自由贸易港内的符合条件的分支机构的所得，适用15%税率。

2、对总机构设在自贸港的企业，仅将该企业设在自贸港的总机构和分支机构（不含在自贸港以外设立的二级以下分支机构在自贸港设立的三级以下分支机构）纳入判断是否符合规定条件范围，设在自贸港以外的分支机构不纳入判断范围；对总机构设在自贸港以外的企业，仅就设在自贸港的分支机构（不含在自贸港以外设立的二级以下分支机构在自贸港设立的三级以下分支机构）判断是否符合规定条件，设在自贸港以外的总机构和分支机构不纳入判断范围。

3、对于总分机构因享受优惠政策而适用不同税率的，其应纳税额的计算方法在《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（2012年第57号）第十八条已有明确规定，具体为：先按规定对应纳税所得额进行分配，然后不同税率地区分别按各自适用税率计算应纳税额后，加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税额，再按规定对应纳所得税额进行分配。